"巴拿马"一词系印第安语，意为"多鱼之乡"。欧洲殖民者到来之前，巴拿马境内居住着60多个印第安部落，总人数约50万。生活在西部地区的印第安人是来自墨西哥和中美洲其他地区的玛雅人和纳瓦人的后裔瓜伊米耶人。1501年巴拿马由西班牙探险家罗德里格·德巴斯蒂达斯所发现。1502年哥伦比亚第四次远航美洲时曾到达巴拿马，从今波托贝洛登陆后，在那里建起了圣玛丽亚·德贝伦城作为殖民据点。科隆市的名字就是以哥伦布的西班牙语名字命名的。1509年随着西班牙人在达连湾沿岸地区建立殖民据点，巴拿马逐渐沦为殖民地。1542年巴拿马归属西班牙的秘鲁总督辖区，1560年又成为危地马拉都督辖区的组成部分；1718～1723年和1740～1810年受新格拉纳达总督区管辖。19世纪初，在西班牙美洲殖民地独立运动的影响下，巴拿马人民于1821年11月举行起义。领导新格拉纳达和委内瑞拉民族解放运动的西蒙·玻利瓦尔派部队加入起义队伍的行列。1821年11月28日巴拿马宣布脱离西班牙而独立并加入大哥伦比亚联邦共和国。1830年大哥伦比亚联邦共和国解体后，巴拿马作为一个省于1831年加入新格拉纳达共和国（1886年起称哥伦比亚）。 1846年12月12日美国与新格拉纳达共和国签订了为期20年的《和平、友好、航海与通商条约》。据此条约，美国在免税运输、经营横贯地峡的任何通道、修筑通过地峡的铁路等方面获得了与新格拉纳达平等的权利。1850年美国开始在巴拿马地峡修建铁路。此后，美国加紧了对巴拿马事务的干涉。1878年法国从哥伦比亚获得开凿巴拿马运河的租让权，1879年法国成立了巴拿马两洋间运河总公司并于1881年开始施工。但因公司经营管理不善，不久便破产。1894年法国成立第二个运河公司，也因经费枯竭而于1900年半途而废。1901年11月18日美国同英国签订《海－庞斯富特条约》，迫使英国放弃对巴拿马地峡的任何要求。从此，美国获得单独修建、经营和管理地峡运河的权利。1902年美国购买了已告破产的法国运河总公司的租让权及全部财产，着手恢复运河的开凿工作。1903年11月3日巴拿马爆发"革命"，脱离哥伦比亚，宣布独立，次日成立巴拿马共和国。

1914年的运河

    1904年美国重新启动巴拿马地峡运河的开凿工作。1914年运河竣工通航，1920年正式向世界开放。运河全长81.3千米。1956年埃及人民成功地收回苏伊士运河，给予巴拿马人民极大的鼓舞。1959年古巴革命的胜利进一步激发了巴拿马人民捍卫国家主权的斗志。同年11月巴拿马首都人民连续举行示威游行并向运河区进行"争取主权"的进军。为缓和巴拿马人民的反美情绪，美国肯尼迪政府于1963年1月同巴拿马政府发表联合公报，同意在运河区并悬巴、美两国国旗。1977年8月美国和巴拿马就新的运河条约达成协议，9月7日签署了新的《巴拿马运河条约》和《关于巴拿马运河永久中立和营运条约》。两个条约于1979年10月1日正式生效，巴拿马共和国根据新条约规定开始对运河区行使主权权利。1999年12月14日在巴拿马城附近的米拉弗洛雷斯船闸举行运河回归交接仪式，巴拿马运河终于回到巴拿马人民手里。