位于中美洲北部，是个地濒两洋的国家，北临大西洋的加勒比海，南濒太平洋的丰塞卡湾，陆地边界西和西南分别与危地马拉和萨尔瓦多交界，东南与尼加拉瓜接壤。洪都拉斯是个多山之国，全境75％以上为山地。蜿蜒起伏的中美洲山脉由西往东穿过中部地区，最高山峰阿加尔塔山海拔2590米。各支山脉之间形成许多盆地和河谷地带，较大的盆地有西利亚和雷帕古阿莱盆地，主要河谷有科马亚瓜和哈马斯特兰河谷。全国可分为4个自然地理区：东部低地区、北部沿海冲积平原区、中部高地区和太平洋沿岸低地区。源自内陆山区的河流纵横交错，分别注入两洋，最长的河流是帕图卡河，全长482千米。最大的湖泊是约华湖，面积达170平方千米。沿海岛屿星罗棋布，主要岛屿有巴亚群岛和丰塞卡湾的底格雷群岛。洪都拉斯地形复杂，气候呈多样化。