最早居住在这里的印第安人是6000多年前来自墨西哥奇布查人的后裔。西班牙人到来时，最著名的酋长尼加拉奥曾率部顽强抵抗殖民者，尼加拉瓜由此得名。1502年9月12日，哥伦布第4次美洲航行时，曾在圣胡安河口登陆。1519～1524年，西班牙殖民者先后派遣3支远征军抵达尼加拉瓜，建立了老莱昂和格拉纳达两个中美洲首批永久性殖民地。自此，尼加拉瓜便沦为西班牙的殖民地。先属巴拿马都督府管辖，1570年后由危地马拉都督府统辖。1821年9月15日，危地马拉都督加维诺·加因萨在独立党等进步力量推动下，召集"公开市政议会"，发表了第一个《中美洲独立宣言》，中美洲从此脱离宗主国宣告独立。